Vous incarnez le commandant Shepard, un homme (ou une femme, au choix) de caractère et expérimenté, envoyé en mission sur Eden Prime afin de retrouver le vil Saren et de révéler aux yeux du monde ces mauvaises intentions.
Saren n’est autre que votre pire ennemi.
Ce dernier à la tête de son puissant vaisseau nommé le Sovereign, est en fuite. Vous devez donc l’intercepter à l’aide de votre équipage et de votre vaisseau légendaire, le Normandy, aussi connu pour être le plus puissant navire spatial de l’armée humaine.
Chaque choix dans Mass Effect aura un impact sur le scénario, à vous de prendre les bonnes décisions au bon moment…